Dank der höheren Temperatur verläuft die Vergärung mit der obergärigen Bierhefe zwar wesentlich schneller, die höhere Brautemperatur macht das obergärige Bier allerdings zugleich anfälliger für Verunreinigungen mit Fremdpilzen und Bakterien. Bei der untergärigen Brauart können sich Pilze und Mikroben hingegen weniger schnell vermehren, wodurch eine längere Gär- und Lagerzeit notwendig ist, zugleich das Bier aber auch länger haltbar bleibt. Auch aus diesem Grund setzte sich die untergärige Brauweise endgültig durch und ist heute die vorherrschende Art des Brauens.

Mit obergäriger Hefe wurde allerdings bereits Jahrhunderte, sogar Jahrtausende vor der Entdeckung der untergärigen Hefeart gebraut. Tatsächlich war in Europa bis zum 15. Jahrhundert nur die obergärige Hefe bekannt, und die Bedeutung der untergärigen Hefe blieb auch danach noch auf Jahrhunderte recht marginal. Erst nach der Erfindung der Kältemaschine im 19. Jahrhundert läutete die Epoche der untergärigen Biersorten ein. Während für das Brauen obergäriger Biere keine Kühlung notwendig war, konnte man untergäriges Bier vor der Erfindung der Kältemaschine im Jahr 1876 nämlich nur während der kalten Jahreszeit und bei natürlich vorherrschenden niedrigen Temperaturen brauen. Für die weniger kalten Jahreszeiten sorgte man im Winter vor. Gefrorene Eisklötze wurden ausgeschlagen und in Höhlen und tiefen Eiskellern eingelagert, um damit die Gärbottiche zu kühlen, wenn die Temperaturen für das Brauen sonst zu warm waren.

Eine lange Tradition haben die untergärigen Biere deshalb vor allem in Gegenden mit strengen, langen Wintern. So liegt der Ursprung der untergärigen Biere in der als "Klein-Sibirien" bzw. "Bayerisch Sibirien" bezeichneten Oberpfalz, wo es in der Regel stets etwas kühler ist als im restlichen Bayern und die Winter als schneesicher gelten. Dort war die untergärige Brauart bereits im 15. Jahrhundert vorherrschend. Beispielsweise verfügte der Rat der Stadt Nabburg im Jahr 1487, dass seine Brauereien nur noch untergäriges Bier zu brauen hatten. Im Laufe des darauffolgenden Jahrhunderts breitete sich die untergärige Brauart über das restliche südliche Altbayern, so dass in Bayern und Württemberg bereits im 16. Jahrhundert nahezu ausschließlich untergärig gebraut wurde.

Unabhängig von der Brauart muss die Bierhefe vor der Gärung mikrobiologisch untersucht werden, um jegliche Möglichkeit fremder Kontaminierung auszuschließen. In Brauereien wird die einzusetzende Bierhefe biologisch untersucht und kontrolliert und schließlich werden auch Proben an die Braumeisterhochschulen Weihenstephan und VLB-Berlin oder andere Labore geschickt. Vor allem in Laufe der 1960er und 1970er Jahre wurde eine verbesserte Betriebskontrolle eingeführt, was gerade bei den untergärigen Bieren zu der heutigen hohen Qualität beitrug.